Я у себя удалял снапшоты с минимумом места (2 Гб свободно на 3 тб датасторе), проходило нормально. Но надо учитывать что если изначальный диск "тонкий" - то он начнёт расти и место точно кончится. Если диск толстый то должно пройти нормально.
Можно читнуть тут (искать extra space в статье):
VMware KB: Delete all Snapshots and Consolidate Snapshots feature FAQ
Ну и в любом случае я бы имел хотя бы одну копию перед тем, как это делать. Просто на всякий случай - данных то много.